专用发票一般有三联，发票联，抵扣联，记账联。丢失的联次不同，处理要求也不一样。
具体如下：
法规依据：国税发[2006]156号
1. 丢失发票联， 可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
2. 丢失已抵扣联， 如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查; 如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
3. 丢失发票联and抵扣联， 如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证; 如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
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